Предложен подход к моделированию информационной системы в условиях априорной неопределенности. Построены расширенный фазовый и наблюдаемые структурно-информационные портреты информационной системы в условиях воздействия Dos-атаки. Проведен сравнительный анализ полученных портретов и выявлены структурные особенности поведения исследуемой системы. Построены проекции наблюдаемых структурно-информационных портретов на плоскости. Осуществлен выбор и оценка информативных переменных, наиболее полно описывающих состояние системы.