Построены математические модели нестационарных неизотермических режимов работы газотранспортной системы сложной структуры с многониточными линейными участками и компрессорными станциями, позволяющие моделировать различные режимы работы газотранспортной системы. Определен численный метод, позволяющий задавать граничные условия в промежуточных узлах графа сети, описывающего структуру газотранспортной системы и расширить возможности моделирования компрессорного цеха в случаях, когда работают системы автоматического управления компрессорными цехами. Адекватность предложенных математических моделей и методов подтверждена вычислительными экспериментами.