Проведен анализ современного состояния проблемы проектирования специализированных информационных систем предприятия, в частности, систем технического учета энергоресурсов. Получили дальнейшее развитие графовые модели для описания структур комплекса технических средств, которые учитывают особенности интерфейсов технических средств и позволяют выбрать рациональный вариант структуры. Предложена информационная технология выбора структуры комплекса технических средств информационной системы, построенной на основе разработанных моделей и методов. Обосновано сокращение затрат времени и трудоемкости работ по предварительной оценке и подготовке рекомендаций для выбора рациональной структуры комплекса технических средств. Предлагаемые модели реализованы алгоритмически и программно и внедрены на промышленном предприятии и в высшем учебном заведении при решении инженерных задач.